С сентября 1942 г. по май 1945 г. Б.А. Фукс принимал участие в боевых действиях в составе 1-й Гвардейской армии. Участвовал в Сталинградской битве, освобождал Донбасс, Левобережную Украину, Чехословакию. Закончил войну старшим офицером отдела противовоздушной обороны 1-й Гвардейской армии в звании капитана. Награжден орденами Красной Звезды, Отечественной войны II степени, Отечественной войны I степени и медалями «За оборону Сталинграда», «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–45 гг.». В 1961 г. Борис Абрамович продолжил обучение в РИИЖТе - восстановился на 5-й курс заочного факультета. В 1963 г. защитил диплом. В 1964 г. Б.А. Фукс был назначен заведующим аспирантуры, где проработал 34 года. При его непосредственном участии были подготовлены документы для открытия в РИИЖТе докторантуры по трем специальностям.